始祖鸟 ― 介绍
最早的鸟类记录出现在恐龙时代，最显著的是巴伐利亚侏罗纪地层中的始祖鸟化石。因为它有完全长成的初级飞羽和次级飞羽，长在翅膀上和现代的鸟类一样，始祖鸟被公认和归类为鸟类。但它的骨架有一些爬行动物的的特征。其中包括有骨的长尾巴，前肢的爪－以及后肢和牙齿；所以它被看成是一个联系－显示鸟类是由爬行动物进化而来。人们普遍认为，鸟类来自一个被称之为兽脚类恐龙的恐龙群。后者的特点是它们总体的体型不大，有双足，长长的长爪的后腿，前肢的足有三趾。此外，一些兽脚类恐龙有空的骨骼，较晚的缺少牙齿，有点类似鸟嘴。
始祖鸟 ― 一个合理的过渡？
尽管兽脚类恐龙和鸟类之间有相似之处，但大量的差异则驳斥了它们有同一祖先的关系。首先，与预言相反，兽脚类恐龙是蜥臀目，而不是鸟臀目，即它们有独特的蜥蜴般的骨盆，而不是像鸟类的骨盆。此外，尽管兽脚类恐龙和鸟类的前肢都只有三个脚趾，但它们是不同的：兽脚类恐龙有通常的五趾中的第一到第三趾，而鸟类有的是五趾中的第二到第四。一个尤为重要的区别是，兽脚类恐龙虽然有长长的完全发育完善的后肢，但前肢却很小。这样短的前肢几乎无法令人相信是鸟类发育完善的前肢，包括那些始祖鸟，它必须支持它们的翅膀。此外，奔跑的动物特有的是，它们没有始祖鸟的锁骨，而是形成了人们熟知的许愿骨（叉骨）来支撑翅膀。最后，始祖鸟有一个更大的脑壳，反映出对更多的感知输入的需求和对飞行所需的运动神经的控制。
也许还应该指出，鸟类有分配身体周围空气的独特的方法－用来支持与飞行相关的高代谢。但是，没有任何迹象表明任何爬虫类有这样一个系统，或是任何可能被认为是它的前身的东西。事实上，一些科学家们得出结论，认为兽脚类恐龙有鳄鱼的呼吸模式，而且把这个模式转换为鸟系统就意味着要经过一个不可行的中间阶段。
另外重要的一点是，大多数似鸟的兽脚类恐龙直到白垩纪晚期才出现－大约在始祖鸟七千万年后，所以它不可能是始祖鸟的祖先。事实上，它们甚至比各种的白垩纪鸟类都出现的晚，跟始祖鸟相比，这些鸟类更接近现代鸟类。
最后，值得一提的是动力飞行是如何开始的问题。翅膀的进化通过从树上滑翔下来还是沿着地面快速奔跑？这两方面都没有令人信服的证据，而事实上，有些证据与这两方面相反。关键是，始祖鸟是完全的鸟类，会飞行，而不是中间奔跑或滑行。
始祖鸟 ― 结论
虽然可以公正地得出结论认为始祖鸟是中间的形式（就它与爬行动物有一些共同特征而言），但它不能被视为发展史上的过渡。同许多其他的动物一样，化石记录中的鸟类与先前的动物没有任何明确的联系。
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