科学方法 ― 简史
人们常常忽略了科学方法实际上是基督教欧洲的人们那里发展起来，他们信仰物质以理性的方式运转是因为上帝创造了一个有序的宇宙。如果宇宙存在于一个严格的真空中，它是粒子随机碰撞的产物，那么也就没有了人们希望的观测自然规律的基础。许多主要的科学分支的奠基人（如牛顿，伽利略和开普勒），都是信仰圣经的基督徒。约翰内斯•开普勒，天文学的奠基人之一，认为科学是“在上帝的想法之后，对其进行的思考。”
科学方法 ― 为什么重要？
科学方法可分为主要的两种：（1）实证科学（2）历史科学。实证科学有一套运用观察，测试，重复的，证伪的系统方法来理解自然的正常运转。它在免疫学，火箭科学，分子生物学的学科都得到了应用。历史的科学涉及到证据的解读和对过去的事件的推理，这通常是建立在一个基本支持的范例之上。
认识到个人的假设决定了证据的解读方式是很重要的。 有神论者和无神论者拥有同样的证据，但这些证据是在一个与个人各自的世界观相对应的框架内解读的。
就其本来的形式而言，‘科学’可以简单地定义为‘知识’。 不过今天从科学本身直率的角度看，它是获得有关纯粹自然或唯物的因果关系的宇宙知识的系统方法。在此意义上，科学自动排除了关于上帝的观点，因为超自然的说法 ― 它被断言 ― 不能被测试和重复。如果一个想法无法检验，不可重复，不能被观察和证伪，则不被视为科学。
上述给科学做出定义的问题是，即使自然科学宣称是中立和不偏不倚的，它始于一系列基本的形而上学的公理 ― 即只有物质和能量存在，并且所有的解释和原因必须直接关系到物质和能量的尊从的定律。 许多科学家声称，在对宇宙的理解中掺入超自然的解释将导致我们停止寻找问题的答案，只是引用“用来填空的上帝”。 这当然是错的。
设计的推论并非建立在缺乏知识的基础上（就像有些人争辩的那样），而是基于我们的一致和反复的经验。 虽然我们不了解复杂和特定的生物信息可以产生自无机物的自然原因，但我们确实知道，在所有其他情况下信息源自智慧。此外，许多科学家现在看到了分子机器和细胞结构的‘不可简化的复杂'的证据，化石记录的主要生物群的产生模式，微调的法则和支持复杂生命不变的事物，陆地环境的微调，细胞的信息处理系统以及被称为 ‘同源'的现象（被人为为新达尔文主义提供全部支持的证据）。
科学方法 ― 结论
尽管批评者不同意设计说的结论，他们却不能合理地否认他们是建立在普遍接受的对自然世界观察的基础之上。‘科学’这个词通常意味的是发展理论来解释对自然世界的观察的一项活动，智能设计理论实地的，在可观察的基础为把智能设计看作科学理论提供了很好的理由。
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